本科论文查重是指对学生提交的论文进行查重比对，旨在防止学术不端行为，维护学术规范。与学术评价体系的关系在于，查重结果可以为学术评价提供客观依据，帮助评价机构准确评估学生的学术水平和独立思考能力。同时，查重结果也能反映出学生对学术规范的理解和遵守程度，从而影响其在学术评价体系中的地位。

另外，本科论文查重还可以促进学术诚信意识的培养，引导学生注重学术道德，避免抄袭和剽窃现象的发生。这种良好的学术风气有助于提升整个学术评价体系的质量和公正性，保障学术评价的准确性和公正性，推动学术界的健康发展。因此，本科论文查重与学术评价体系之间存在密切的互动关系，共同构建着学术界的秩序和规范。